Црква Светог Духа је трећи православни храм купински. Хронолошки је најмлађа црква али димензијама и монументалношћу најинпозантнија. У првим годинама деветнаестог века указала се потреба за храмом ове величине, те је команда регименте у Петроварадину затражила од становника Шанца (како се Купиново тада називало), да подигну нову цркву. У наредне две деценије подигнута је црква пројектовано слично Саборној цркви у Београду. Уговор о градњи који је склопљен 1802. године није реализован. 

Изградња је започела 1810. године према новом уговору са земунским градитељима Михаилом Сајдлером, Андреасом Хитермајером и цимермајстором Јоханом Мајером, који су 1814. завршили храм Светог Духа. Резберију иконостаса извео је 1844. године Георгије Девић. И овај велелепни објекат тешко је оштећен пред крај Другог светског рата, истог дана када и црква Мајке Ангелине. У акцији масовног разарања православних богомоља у Срему, миниран је звоник Цркве Светог Духа и тешко оштећена кровна конструкција. Комплетна обнова цркве започета је 2020. године, а радови трају и даље.